무비메이커로 하면 되지 않을까요?

그냥 단순하게 하려면 FFmpeg 쓰시면 됩니다. MJPEG로 넣게 되므로 호환성은 떨어집니다.
ffmpeg -i cover.jpg -i audio.flac -c copy output.mkv

이미지를 H.264로 인코딩하려면 다음과 같이 쓰시되 파라미터는 적절히 바꿔주세요.
이 경우 I프레임 딱 한 장 들어가고 끝냅니다.
ffmpeg -i cover.jpg -i audio.flac -c:a copy -c:v libx264 -preset slow -tune stillimage -b:v 2500k output.mkv

영상 길이에 맞게끔 프레임을 중복 삽입시키려면 프레임레이트 지정해서 이미지를 무한루프 시켜야 합니다.
오디오 스트림이 끝날때 루프도 끝내야 하므로 shortest 옵션을 같이 주세요.
ffmpeg -loop 1 -framerate 1 -i cover.jpg -i audio.flac -shortest -c:a copy -c:v libx264 -preset slow -tune stillimage -b:v 2500k output.mkv